Na ustrojbenim jedinicama Sveučilišta u Mostaru u tijeku je rujanski razredbeni i upisni rok za upis u akademsku 2020./2021. godinu, odnosno na one ustrojbene jedinice na kojima ima slobodnih mjesta za upis, a koji traje do 19. rujna.

U srpanjskom upisnom roku na Sveučilište u Mostaru upisano je više od 1400 studenata, što je povećanje od gotovo 10% u odnosu na prošlu akademsku godinu. Broj samih prijava za razredbene ispite u srpnju bio je veći za 30%. 

Određene ustrojbene jedinice već u prvom upisnom krugu popune predviđene kvote za upis kao što su studiji psihologije, logopedije, njemačkog jezika i književnosti Filozofskoga fakulteta te Farmaceutski fakultet koji nemaju slobodnih mjesta za rujanski upisni rok. Na ostalim ustrojbenim jedinicama imaju slobodna mjesta, a pregled slobodnih mjesta dostupan je na službenim web stranicama fakulteta.

Sveučilište u Mostaru ima sveučilišne centre u Posavini i Središnjoj Bosni. U Orašju četiri fakulteta upisuju novu generaciju studenata. Na Filozofskom fakultetu moguće je izabrati Studij socijalnog rada, na Fakultetu prirodoslovno- matematičkih i odgojnih znanosti Studije informatike i predškolskog odgoja, na Pravnom fakultetu preddiplomski i diplomski studij prava, a novost od ove akademske godine su upisi na preddiplomski studij sestrinstva na Fakultetu zdravstvenih studija. U sveučilišnom centru Središnja Bosna Ekonomski fakultet upisuje pristupnike na stručni studij ekonomije u Vitezu. Sveučilišni centri su od strateškog značaja kako za Sveučilište u Mostaru tako i za društvo i zajednicu u kojoj djeluju.